Dal punto di vista clinico, la malattia è classificata come demielinizzante (CMT1) oppure assonale (CMT2), con differenze dal punto di vista della velocità di conduzione dei nervi motori.

La consulenza genetica è importantissima in relazione alla prognosi ed alla terapia. Oltre 20 geni sono ritenuti coinvolti nella determinazione della CMT. 

Nella forma demielinizzante (CMT1, la forma più frequente), dal punto di vista genetico, il gene alterato può essere dominante (cioè si esprime), recessivo (il gene difettoso non si esprime a meno che non è rappresentato su entrambi i cromosomi), o legato al cromosoma X (il gene difettoso si esprime in modo legato al sesso).

La stessa manifestazione clinica può essere espressione dell'alterazione di diversi geni, e lo stesso difetto genico può causare diverse forme cliniche della malattia.

La forma più comune è quella autosomica dominante, legata a cromosoma non sessuale e si esprime classicamente con sintomi motori (difficoltà a camminare o deformità del piede) che si manifestano nelle nelle prime due decadi di vita. La forma più comune inoltre è legata alla duplicazione di un'area del cromosoma 17, contenente la  proteina PMP22 (peripheral myelin protein 22) e può dare origine, a causa della mutazione della PMP22, ad un ampio spettro di manifestazioni incluso una forma più severa.

Una forma meno comune della CMT1 autosomica dominante è la forma secondaria a mutazioni nel gene della proteina MPZ (human myelin protein zero); in questo caso, i pazienti tendono ad avere una forma clinica più severa, ma possono anche presentarsi con il classico fenotipo CMT. Altra forma comune di difetto genico causante la CMT è quello dell'EGR2.

La seconda più comune causa di CMT è legata a mutazioni del gene della connessina (sono state descritte oltre 300 mutazioni). Sono disordini legati al cromosoma X, quindi i maschi sono più severamente affetti che le femmine. Può coinvolgere occasionalmente il sistema nervoso centrale in modo lieve, ad esempio lieve sordità.

Esistono inoltre forme di CMT autosomiche recessive, il cui difetto genico non si esprime usualmente se non è presente in entrambi i cromosomi: questo si verifica in regioni dove sono frequenti i matrimoni tra consanguinei.

Nella forma assonale di CMT (CMT2) il gene più frequentemente coinvolto è il MFN2.

La malattia di CMT è stata diagnostica in epoca pre-impianto in coppie che hanno effettuato la fecondazione in vitro. Forme di CMT1 autosomiche dominanti e X-linked sono state riportate in letteratura dal 1998. La metodica della diagnosi pre-impianto è stata vietata in Italia dalla legge 40/2004; recentemente una modifica delle linee guida promosse dal ministro Livia Turca ha reso la metodica autorizzata, ma permanendo il divieto di fecondare non oltre 3 ovociti, risulta tecnicamente inapplicabile.